本校原住民族教育中心歷史幽久，為全國首創，曾接受行政院原住民族委員會多項委託研究案及各種活動，績效卓著。尤其，目前本校設有全國唯一之原住民族學院，以及原住民育成中心，故生產資源雄厚，尤在研究人力之生產資源與研究產能，更為全國難以取代之。本校原住民族教育研究中心歷年執行相關研究之成果如下列：
‧ 原住民婦女教育需求。（民81）研究主持人：吳天泰。
‧ 原住民文化與教育圖書目錄。（民81）。
‧ 特殊背景地區師資培育與進修。（民81）研究主持人：吳天泰。
‧ 山胞（原住民）研究中文圖書目錄。（民82）。
‧ 九族藝能人才資料手冊。（民82）。
‧ 台灣原住民教育人才名錄。（民83）。
‧ 山胞國民中小學訪視工作報告。（民83）。教育部委託。
‧ 原住民教師學生族籍調查報告。（民84）計劃主持人：吳天泰。
‧ 原住民社區文化與原住民教育改革關係研究。（民85）計劃主持人：浦忠成。
‧ 原住民教育的教師與教學。（民85）主持人：陳伯璋。
‧ 原住民教育問題研究規劃。（民86）計劃主持人：陳伯璋。
‧ 曹（鄒）族物質文化調查與研究變遷與持續。（民86）計劃主持人：浦忠成，協同主持人：浦忠勇。
‧ 發展與改進原住民教育五年計畫之規劃研究。（民86）研究主持人：陳伯璋。
‧ 原住民課程發展模式及其理論基礎之探討(民86)。教育部委託。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 台灣原住民教育人才名錄（民86）。計劃主持人：浦忠成。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（國語科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（數學科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（社會科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（自然科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（美勞科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（音樂科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 國民小學原住民課程與教材規劃研究八十五學年度研究報告（體育科研究報告）。（民86）。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 原住民民族教育內涵與實施之規劃研究。（民88）計劃主持人：陳伯璋。
‧ 認識臺灣原住民（國小低、中、高年級、國中）(民88)國立花蓮師範學院原住民教育研究中心。計劃主持人：陳伯璋。
‧ 原住民青少年學生文化成長班計畫執行績效及影響評估之研究(民92)，主持人：洪清一。
‧ 原住民族文化基本教材編撰(民95－100)，主持人：洪清一
‧ 原住民族小學民族教育課程發展模式研究(民96-98)，主持人：周水珍
‧ 賽德克族文化基本教材編撰(民98-100) ，主持人：周水珍